ระบบอิเล็กโตรโฟเรซิสประกอบด้วยสององค์ประกอบหลัก: แหล่งจ่ายไฟและห้องอิเล็กโทรโฟรีซิส แหล่งจ่ายไฟจ่ายพลังงาน "พลังงาน" ในกรณีนี้คือไฟฟ้า กระแสไฟฟ้าที่มาจากแหล่งจ่ายไฟจะไหลไปในทิศทางเดียวจากปลายด้านหนึ่งของห้องอิเล็กโทรโฟรีซิสไปยังอีกด้านหนึ่ง แคโทดและแอโนดของห้องคือสิ่งที่ดึงดูดอนุภาคที่มีประจุตรงข้ามกัน
ภายในห้องอิเล็กโตรโฟเรซิสมีถาด หรือที่เจาะจงกว่าคือถาดหล่อ ถาดหล่อประกอบด้วยส่วนต่างๆ ดังต่อไปนี้: แผ่นกระจกที่อยู่ด้านล่างของถาดหล่อ เจลจะถูกเก็บไว้ในถาดหล่อ "หวี" ดูเหมือนชื่อ หวีวางอยู่ในช่องด้านข้างของถาดหล่อ โดยใส่ไว้ในช่องก่อนที่จะเทเจลที่ร้อนและละลายลงไป หลังจากที่เจลแข็งตัวแล้ว ให้ถอดหวีออก "ฟัน" ของหวีทำให้เกิดรูเล็กๆ ในเจลที่เราเรียกว่า "เวลส์" บ่อถูกสร้างขึ้นเมื่อเจลที่ร้อนละลายแข็งตัวรอบฟันของหวี หวีจะถูกดึงออกมาหลังจากที่เจลเย็นลงและออกจากบ่อ บ่อน้ำเป็นสถานที่สำหรับวางอนุภาคที่คุณต้องการทดสอบ บุคคลจะต้องระมัดระวังอย่างยิ่งที่จะไม่รบกวนเจลเมื่อทำการโหลดอนุภาค การแตกหรือทำให้เจลแตกอาจส่งผลต่อผลลัพธ์ของคุณ